Amikor 1939. március 15-én este nyolc tájban Adolf Hitler – Wilhelm Keitel főparancsnok, Heinrich Himmler, az SS birodalmi vezetője, Reinhard Heydrich, aki mint a Cseh–Morva Protektorátus vezetője 1942 májusában, a londoni csehszlovák emigráció által megszervezett Anthropoid akció során küldött merénylők áldozatává vált, illetve Martin Bormann, Hitler későbbi legfőbb bizalmasa és titkára társaságában – megérkezett az 1918 decembere óta elnöki palotaként működő prágai várba, a Hradzsinba, a versailles-i rendszer alapkövének számító csehszlovák állam már nem létezett.
Az ausztriai „virágháborúként” is emlegetett anschluss után Csehország nagyobbrészt a Harmadik Birodalommal vált határossá. A csehszlovák kormány egyre reménytelenebb helyzetbe került, s fokozatosan megszűnt az érdemi ellenállás esélye. Prága 1938 őszére magára maradt. Szeptember elején előbb a két szövetséges nagyhatalom, Párizs és London jelezte Beneš köztársasági elnöknek, hogy az európai béke biztosítása érdekében támogatni fogják a német többségű területekre vonatkozó berlini követeléseket. Szeptember 22-én lemondott a Milan Hodža miniszterelnök. Egy nappal később a Sirový tábornok vezette új prágai kormány még mozgósítást rendel el, amelynek során 42 hadosztályt és 1,5 millió katonát állítottak csatasorba, köztük 300 ezer német és 100 ezer magyar, illetve lengyel nemzetiségű tartalékost. Németország mozgósítható harci ereje már ekkor is meghaladta a 3,5 millió főt.
1938. szeptember 29-éről 30-ára virradó éjszaka – a tavasz óta Csehszlovákia lerohanását tervező – Hitler a kockázatosnak tűnő katonai megoldás helyett úgy döntött, az európai nagyhatalmak közös döntésével kikényszeríti Prágától a német többségű csehországi területek átengedését. (Szlovákiától csak a Pozsonnyal határos Dévényt és a város jobb parti részét, Ligetfalut szerezte meg.) A Mussolinival, valamint a világháborús konfliktust bármi áron elkerülni kívánó Chamberlain brit és Daladier francia miniszterelnökkel aláírt müncheni szerződést – vagy ahogy a cseh történeti közbeszédben emlegetik: a diktátumot – Prága kénytelen volt elfogadni: a németek által pár nappal később megszállt területen 2 800 000 német mellett az 1930-as csehszlovák adatok szerint közel 800 ezer cseh lakos élt. Igaz, a müncheni döntés hangsúlyozottan az 1910-es népszámlálást tekintette mértékadónak.
A müncheni szerződéssel az első Csehszlovák Köztársaság sorsa megpecsételődött. Egyrészt a Maginot-vonal mintájára kiépített csehszlovák határvédelmi rendszer puskalövés nélkül a németek kezére jutott. A müncheni megállapodás pótjegyzőkönyve szerint Varsó és Budapest is jogot formálhatott az 1910-ben lengyel, illetve magyar többségű területekre. A maradék csehszlovák állam belpolitikai viszonyai szintén az ország integritását és fennmaradását veszélyeztették. Október 5-én lemondott Edvard Beneš köztársasági elnök és 22-én Angliába távozott. Helyére november 30-án Emil Háchát választották, aki igyekezett Berlinnel új modus vivendit kialakítva konszolidálni a második, immár kötőjeles Cseh–Szlovák Köztársaság belső és külső viszonyait.
Szeptember 30-án Lengyelország ultimátumban követelte Prágától Teschen-vidék csehországi részét, illetve Szlovákia lengyel nemzetiségű falvait, amit a rendkívüli helyzetben a Sirový-kormány elfogadott. Október 6-án, két nappal azután, hogy a Hlinka-féle Szlovák Néppárt megüzente a magyar kormánynak, a kiutat nem a Szent István-i magyar államkeretek, hanem Csehszlovákián belül keresi, Zsolnán a többi szlovák párttal döntést fogadtak el Szlovákia autonómiájáról és az önálló szlovák kormány október 7-i megalakításáról. Elnöke az 1938 nyarán elhunyt Andrej Hlinka utódja, Jozef Tiso lett. A prágai kormány megbízásából ő volt az október 9–13. között Komáromban folytatott magyar–szlovák határtárgyalások csehszlovák delegációjának vezetője. Komáromban Csehszlovákia magyar többségű területeinek Magyarországhoz csatolásáról tárgyaltak. Október 11-én pedig Bródy András vezetésével Prága kinevezte a kárpátaljai autonóm kormányt, amelynek élére október 26-án Augustin Volosin került. A november 2-i első bécsi döntés alapján Magyarország 11 927 km2 magyar többségű terület átvételével zárta le a csehszlovák válságnak azt a szakaszát, amelyben Csehszlovákia összesen 41 098 km2 területet és 4 879 000 főt veszített.
1939 márciusában azonban Berlin biztatására a szlovák autonóm kormány egyre inkább hajlani kezdett az önálló Szlovákia kikiáltására. S jóllehet, a Beran-kormány március 11-én rendkívüli állapot bevezetésével leváltotta a Tiso-féle autonóm szlovák kormányt, ez azonban már nem tudta megállítani a Hitler, Ribbentrop, Göring és Himmler által beindított csehszlovák végjátékot.
Március 13-án Tiso és Ferdinand Durčanský, a radikális szlovák néppárti csoport vezetője Berlinben a német vezetőkkel tárgyalva szembesül azzal a ténnyel, hogy nem az általuk elképzelt fokozatos önállósulás forgatókönyve fog érvényesülni, hanem a Cseh–Szlovákia azonnali és teljes felszámolását követelő Hitler álságos alternatív javaslatáról hozhatnak döntést. Vagy azonnal elszakadnak Prágától, és Szlovákiát a német védelem alá helyezve kikiáltják az önálló Szlovák Köztársaságot, vagy megengedi Lengyelország és Magyarország számára, hogy egymás közt osszák fel a szlovákiai területeket. Tisóék belátták, egyetlen lehetőségük maradt: s ígéretet tettek az önálló szlovák állam létrehozására. Erre másnap, március 14-én Pozsonyban, a szlovák parlamentben került sor.
Egy nappal később, március 15-én hajnali három órakor Hitler a Berlinbe rendelt František Chvalkovský csehszlovák külügyminiszterrel és Hácha köztársasági elnökkel közölte a maga „megváltoztathatatlan döntését”: reggel 6 órakor Németország elkezdi a cseh országrészek katonai megszállását, s ennek érdekében arra kényszerítette Háchát, hogy mint a csehszlovák haderő legfőbb parancsnoka tiltsa meg a hadsereg ellenállását. A Führer ultimátumát hallva Hácha súlyos szívrohamot kapott, s hosszú perceken át alig bírták őt újraéleszteni. A bilaterális nyilatkozat aláírását a németek egyebek közt azzal a fenyegetéssel kényszerítették ki, hogy ellenállás esetén Prágát is lebombázzák. A nyilatkozat egyrészt azt rögzítette, hogy Hácha elnök „a cseh nép és ország sorsát teljes bizalommal a Német Birodalom Führerének kezébe helyezi”, Hitler pedig arról biztosította a cseh vezetőket, hogy „a cseh népet a Német Birodalom védelmébe veszi és biztosítja számára a cseh népi élet autonóm fejlődését”.
Miután Hácha elnök hazautazását a németek késleltették, március 15-én este negyed nyolckor Hitler negyedórával hamarabb érkezett Prágába, mint a cseh elnök. A Führer a március 16-ára virradó éjszakán ugyanúgy a Hradzsinban szállt meg, mint a Wilsonról elnevezett prágai pályaudvarra megérkező s ott német díszőrség által fogadott Hácha.
Március 16-án reggel Hitler rendeletet adott ki a Cseh- és Morvaországi Protektorátus létrehozásáról. Ezzel az alig több mint fél évig fennállott második Cseh–Szlovák Köztársaság megszűnt létezni. Ezt követően fogadta Prága város polgármesterét, a német népcsoport vezetőjét, illetve Walther von Brauschitch vezértábornokot, a szárazföldi német haderő főparancsnokát. Délben „vendégül látta” az előtte Ribbentrop külügyminiszterrel tárgyaló Háchát, aki korábbi csehszlovák köztársasági elnöki eskütételét felejtve a protektorátus elnökeként immár Hitler kezébe tette le az esküt. Délután fél háromkor a Führer a Hradzsin ablakából kitekintve üdvözölte az őt köszöntő prágai németeket.
Másnap speciális vasúti szerelvényén a morvaországi Olomouc (Olmütz) és Brno (Brünn) városát is felkereste, majd még ugyanaznap továbbutazott Bécsbe. Innen pedig március 18-án – immár hódítóként – tért vissza Berlinbe.