A Szapolyai I. János és Habsburg I. Ferdinánd magyar királyok között a Magyar Királyságért folyó harcban már 1530-ra nyilvánvalóvá vált, hogy egyik fél sem tud a másik fölé kerekedni. A tárgyalások Jagelló I. Zsigmond lengyel király közreműködésével kezdődtek meg, aki az egyetemes kereszténység érdekeire való hivatkozással is ösztönözte a feleket a megegyezésre. Az 1536-tól ismét megélénkülő, de meg-megszakadó tárgyalásokat megnehezítette az egymás szándékaival szembeni bizalmatlanság. Habsburg V. Károlyt és I. Ferdinándot Johann von Weeze lundi érsek, I. János királyt Brodarics Isván és Fráter György képviselte a tárgyalások során.
A két király közötti harcot legalább átmenetileg lezáró és egyúttal a Magyar Királyságot kettészakító béke megszövegezését 1538. február 24-én fejezték be Váradon, ahol János király alá is írta a dokumentumot. A békekötés legfontosabb pontjai: János és Ferdinánd elismerte egymást királynak, és a status quo szerint megosztották az ország területét egymás között. János beleegyezett, hogy halála után – még akkor is, ha időközben fiúgyermeke születne – országrészét Ferdinánd fogja örökölni.
A trónbetöltés kérdésében a váradi béke pontjai alapján egyrészről úgy rendelkeztek, hogy elismerték János halála esetére a Habsburg-ház örökösödési jogát, és kimondták, hogy Ferdinánd halála után egyenes ági leszármazottai minden különösebb jogi aktus – azaz választás – nélkül is örököljék a magyar királyi trónt. Ha pedig az ő ága kihalna, V. Károly császár utódai következzenek. Csak ha a Habsburgok mindkét ága kihalna, akkor szállhat a királyság János utódaira, és csak mindkét dinasztia kihalása után kerülhetne sor a szabad királyválasztásra (XL. pont). Másfelől a békepontokban kimondták, hogy Ferdinánd halála után az ország az ő elsőszülött fiát, Miksát „az ország közös megegyezéssel tartozik királynak megválasztani” (VII. pont). Ez utóbbi rendelkezés azért is szokatlan, mert ellentmond az előbbinek.
A békepontok kihirdetésére egy általános, mindkét király hatalma alatti rendekre kiterjedő országgyűlést terveztek összehívni, amelyen – az ország egységét szimbolizálandó – egyetlen nádor megválasztását helyezték kilátásba, miközben elrendelték, hogy további tisztségviselőket (kancellár, országbíró, udvarmester, tárnokmester, ítélőmesterek és mások) a királyok külön-külön is tarthatnak. Kimondták továbbá, hogy az ország helyzetéről és a nyugalom helyreállításáról is a következő általános diétán kell határozatokat hozni (XLII. pont). A békekötés a törökellenes szövetség kérdésében is állást foglalt: János király ugyanis lemondott a törökökkel megkötött szövetségről, és ígéretet tett arra, hogy a jövőben sem fog ilyet fenntartani, viszont a francia királyt mint szövetségesét értesítheti a most megkötött egyezményről (III. pont). Mindkét király tisztában volt azzal, hogy ha a békepontok nyilvánossá válnak, oszmán részről ellencsapás várható. Ezért is foglalhatták bele a megegyezés szövegébe, hogy az országra támadó ellenséggel egyesült erővel veszik föl a harcot.
Az országon belül sokáig titokban tartott váradi békepontokról Ferdinánd először egy 1538. június 29-re Pozsonyba összehívott gyűlésen ejthetett volna szót, ahol azonban csak néhány főúr és mindössze öt vármegye képviselői jelentek meg. A békepontokról itt nem beszéltek, a becikkelyezésük sem történt meg sem ezen, sem a későbbi, 1539. szeptemberi pozsonyi országgyűlésen, amelyen Ferdinánd beszámolt híveinek a váradi egyezségről. A Pozsonyban összegyűlt magyar rendek tiltakoztak az ország kettészakadt állapotát szentesítő megállapodás ellen. Ferdinánd a magyar rendeknek adott válaszában kifejtette, hogy a váradi egyezményt azért kötötte meg, hogy az ország szétszakítottságából majdan újból egység legyen, s megnyugtatta a tanácsosokat és jelen lévő híveit, hogy később, alkalmas időben szívesen bevonja őket a további alkudozásokba. Ferdinánd 1538. június 10-én Wrocławban írta alá a váradi béke dokumentumát, V. Károly pedig később Toledóban. A béke pontjainak megtartására János hat tanácsosa – az egri, az erdélyi és a váradi püspök, valamint Brodarics István váci püspök, a tárgyalásokba aktívan bekapcsolódó Perényi Péter és Werbőczy István kancellár – is esküt tett. A megegyezést 1539-ben a Habsburgok akkori követe, Hieronymus Łaski beárulta a Portán, és bár ennek következménye nem lett, a János-pártiak tartottak attól, hogy a szultán következő hadjárata Magyarország ellen fog irányulni.